一般說來，各種畜、禽、魚的肌肉、脂肪、肝、腎、奶、蛋都可成為抗生素殘留污染的部位。抗生素殘留的常規檢測方法根據檢測原理的不同主要包括生物檢測法、理化檢測法。
1、生物檢測法主要包括微生物檢測法、免疫分析法、生物傳感器方法
抗生素微生物檢測法是一種經典的方法，可直觀、特異地反應出抗生素藥品的抗菌活性。其原理是根據抗生素對微生物的代謝和機能具有抑制作用，利用該性質可實現對樣品中的抗生素殘留進行定性或定量分析。微生物法檢測抗生素殘留的代表方法主要包括稀釋法、濁度法、瓊脂擴散法、微生物受體檢測法。微生物檢測法費用低，但是花費時間長、靈敏度低，只適用于實驗室少量樣品檢測及樣品的初篩查，當出現陽性樣品時，還需要使用其他方法進一步確定。
免疫分析法是利用抗原和抗體的特異性結合等特征，進行抗生素殘留檢測的一種方法。代表方法主要有化學發光免疫分析、酶聯免疫分析、熒光免疫分析、放射免疫分析、免疫傳感器等。隨著近些年來酶制備、抗體制備等技術的發展，該技術發展迅速并得到了很多國家的認可。
2、理化檢測方法主要包括毛細管電泳法、高效液相色譜法、液-質聯用法、超臨界流體色譜法。
隨著科技的發展，分離分析技術的提高，抗生素的分子結構及成分更加清楚，所以很多抗生素檢測都改為高效液相色譜法、串聯質譜法及其他儀器測定法檢測，既準確又快速。
高效液相色譜法（HPLC）由于具有分離效能好、靈敏度高和分離速度快等特點，是目前國內抗生素殘留檢測有效的方法，所用的檢測器主要有紫外檢測器、熒光檢測器、以及二級管陣列檢測器。例如：多數大環內酯類抗生素在紫外下都有較強的吸收，因此常用紫外檢測器（UV）檢測肌肉、豬肝、雞肉和牛肉中的土霉素、四環素、金霉素、強力霉素。
色譜質譜的聯用技術將液相色譜儀有效分離的能力和質譜的定性功能結合起來，相當于給液相色譜配備了一臺質譜儀作為檢測器，因此產生了液-質聯用法（LC-MS）。利用色譜和質譜的聯用技術可以提高抗生素的定性、定量分析的可靠性、準確性、靈敏度，對復雜化合物中微量和痕量組分的定性和定量分析具有重要的意義。
而在國家層面的管理方面，農業部也開始將影響動物源性食品安全的獸用抗生素的管理當作重點治理對象，淘汰安全隱患品種，已禁止洛美沙星、培氟沙星、氧氟沙星、諾氟沙星等4種人獸共用抗生素用于食品動物，禁止硫酸黏菌素預混劑用于動物促生長；監測豬肉、雞肉等主要畜禽產品9類70種獸藥殘留；監測生豬、家禽、奶牛等動物飼養場5種主要細菌對16種獸用抗生素的耐藥狀況，建立耐藥性數據庫；開始主動推動形成政府主導、企業參與、社會共治的健康局面。
深圳市芬析儀器制造有限公司生產的CSY-JASY抗生素殘留檢測儀通過反射光譜法測試CT線強弱程度可以定量檢測抗生素殘留（青霉素類、磺胺類、喹諾酮類、四環素類、頭孢類、酰胺類等抗生素殘留）含量；抗生素殘留檢測儀廣泛應用于養殖場、水產市場、水產深加工企業、檢驗檢疫單位等使用。
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