我國衛生部頒布的食品微生物指標有菌落總數、大腸菌群和致病菌三項。
1、菌落總數
菌落總數是指食品檢樣經過處理，在一定條件下培養后所得1g或1mL檢樣中所含細菌菌落的總數。它可以反應食品的新鮮度、被細菌污染的程度、生產過程中食品是否變質和食品生產的一般衛生狀況等。因此它是判斷食品衛生質量的重要依據之一。
2、大腸菌群
大腸菌群包括大腸桿菌和產氣桿菌的一些中間類型的細菌。這些細菌是寄居于人及溫血動物腸道內的腸居菌，它隨著的大便排出體外。食品中如果大腸菌群數越多，說明食品受糞便污染的程度越大。故以大腸菌群作為糞便污染食品的衛生指標來評價食品的質量，具有廣泛的意義。
3、致病菌
致病菌既能夠引起人們發病的細菌。對不同的食品和不同的場合，應該選擇一定的參考菌群進行檢驗。例如：海產品以副溶血性弧菌作為參考菌群，蛋與蛋制品以沙門氏菌、金黃色葡萄球菌、變形桿菌等作為參考菌群，米、面類食品以蠟樣芽孢桿菌、變形桿菌、霉菌等作為參考菌群，罐頭食品以耐熱性芽孢菌作為參考菌群等等。
4、霉菌及其毒素
我國還沒有制定出霉菌的具體指標，鑒于有很多霉菌能夠產生毒素，引起疾病，故應該對產毒霉菌進行檢驗。例如：曲霉屬的黃曲霉、寄生曲霉等，青酶屬的桔青酶、島青酶等，鐮刀酶屬的串珠鐮刀酶，禾谷鐮刀酶等等。
5、其它指標
微生物指標還應包括病毒，肝炎病毒、豬瘟病毒、雞新城疫病毒、馬立克氏病毒、口蹄疫病毒，狂犬病病毒，豬水泡病毒等；另外，從食品檢驗的角度考慮，寄生蟲也被很多學者列為微生物檢驗的指標：如旋毛蟲，囊尾蚴，住肉孢子蟲、蛔蟲，肺吸蟲，弓形體，螨，姜片吸蟲，中華分枝睪吸蟲等等 。
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